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Les métabolites secondaires des plantes sont des composés chimiques synthétisés par les plantes, c'est-à-dire des composés phytochimiques, qui remplissent des fonctions non essentielles, de sorte que leur absence n'est pas mortelle pour l'organisme, contrairement aux métabolites primaires. Les plantes produisent et utilisent une grande variété de métabolites. Leur nombre est évalué à 200 000. On pensait autrefois qu'il s'agissait de simples résidus métaboliques, mais on sait maintenant qu'ils jouent des rôles physiologiques et écologiques majeurs ; ils+ sont impliqués dans les interactions écologiques entre la plante et son environnement.

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